El servei està constituït per tres laboratoris: laboratori central, situat al Parc Hospitalari Martí i Julià (Salt), el laboratori d'assistència 24 hores, situat a l'Hospital Universitari de Girona Doctor Josep Trueta i el laboratori de l'Hospital de Campdevànol.
El centre de Bioquímica i Hematologia es troba al laboratori central des d'on es dona tota l'activitat assistencial als pacients ingressats i ambulatoris mitjançant cadenes automatitzades d'última generació. Les àrees de coneixement més específiques, Immunologia, Serologia, Genètica i Biologia Molecular, es troben també situades en aquest laboratori per donar tot el suport assistencial en aquelles proves de més complexitat.
El servei de Microbiologia està integrat completament al laboratori, la qual cosa facilita la rotació dels residents per aquesta secció. Les diferents àrees del laboratori estan dotades de tot l'equipament disponible al mercat i el nombre de proves externalitzades és mínim, factor molt important, ja que és un reflex de la complexitat del nostre centre.