Es va iniciar el 10 de març juntament amb el laboratori de diagnòstic genètic de cardiologia, i des d’aleshores s’analitza el genoma complet del virus dels casos que l’Agència de Salut Pública vol identificar específicament, a més d’una mostra de PCR positives aleatòria de tota la Regió Sanitària de Girona 

Des d’aquesta primavera, el Laboratori Clínic Territorial de Girona ha inclòs la seqüenciació de les soques de Covid19 a la seva cartera de serveis. El laboratori de Girona és un dels 8 laboratoris de Catalunya que participa en aquest procés de seqüenciació. Aquest procés es realitza de manera habitual a totes aquelles PCR positives de les quals l’Agència de Salut Pública en demana específicament identificar-ne la variant i de manera aleatòria a un percentatge de les mostres que cada setmana són recollides de diferents hospitals i centres d’atenció primària de la Regió Sanitària.

El procés de seqüenciació es realitza des del laboratori de diagnòstic genètic de cardiologia (Gencardio), situat a les instal·lacions de l’IDIBGI. Per a poder seqüenciar el SARS-CoV-2, primer de tot cal amplificar-lo mitjançant la tècnica de PCR, és a dir, fer moltes còpies del material genètic del virus per tenir-ne més quantitat i poder seqüenciar de manera més acurada. Donat que interessa detectar les diferents soques, es fa una ampliació de tot el virus, el que s’anomena seqüenciació completa o de genoma sencer. Amb aquest procés de seqüenciació completa, no només s’identifiquen les soques que existeixen actualment, sinó que també permet detectar-ne de noves.

Aquest procés es realitza amb un aparell d’ultraseqüencació, anomenat MiSeq, que es fan servir de manera rutinària al laboratori per a les anàlisis genètiques. Les dades són processades mitjançant eines bioinformàtiques per detectar les diferents variants del virus.

El procés de seqüenciació a Girona es va posar en marxa el 10 de març i des d'aleshores s’han processat més de 600 mostres, malgrat que prèviament ja se’n van seqüenciar 90 més en fase de proves. En aquest moment, se seqüencien entre 60 i 80 mostres cada setmana.